Trong quy hoạch phát triển tổng thể hệ thống cảng biển Việt Nam đến năm 2010 đã được thủ tướng chính phủ phê duyệt tại quyết định số 202/1999/QĐ-TTg ngày 12/10/1999, cảng Cửa Lò thuộc cảng Nghệ Tĩnh nằm trong nhóm cảng số 2 và là 1 trong 10 cảng biển trọng điểm được chính phủ tập trung đầu tư đến năm 2010. Trong quy hoạch chung xây dựng Khu kinh tế Đông nam Nghệ An được Thủ tướng chính phủ phê duyệt tại quyết định số 1534/QĐ-TTg ngày 21/10/2008 thì Cảng Cửa Lò được quy hoạch đầu tư nâng cấp, mở rộng thành khu cảng tự do và khu cảng thuế quan. Công suất có thể đạt đến 5 – 6 triệu tấn hàng hoá/1 năm vào năm 2020.

    Nghệ An là tỉnh có nhiều tiềm năng về sản xuất chế biến các mặt hàng nông, lâm và khoảng sản, các nghành côn nghiệp về vật liệu xây dựng, chế biến khoảng sản trên địa bàn đã hình thành và đi vào hoạt động ngày càng sôi động, ngoài khu kinh tế Đông nam Nghệ An còn có nhiều khu công nghiệp vừa và khu công nghiệp nhỏ: Bắc Vinh, Nam Cấm, Phủ Quỳ, Đô Lương, Hoàng Mai..Với quy mô và công suất ngày càng được mở rộng nên lượng hàng hoá lưu thông rất lớn, ngoài ra Nghệ An còn có 2 cửa khẩu quốc tế để lưu thông hàng hoá với nước bạn Lào ( Nậm Cắn, Thanh Thuỷ), sắp tới sẽ mở thêm cửa khẩu Thông Thụ ( Quế Phong) nên lưu lượng giao thương hàng hoá trên địa bàn có nhiều tiềm năng phát triển.

    Ngày 8/6/2009 Văn phòng Chính phủ đã có công văn số 3803/VPCP-ĐMDN về việc đồng ý chuyển Cảng Nghệ Tĩnh về làm thành viên Tổng công ty HHVN và giao cho Bộ giao thông vận tải và Tổng công ty HHVN có trách nhiệm thực hiện việc chuyển giao này theo đúng quy định hiện hành.

    Ngày 6/7/2009 Bộ trưởng bộ giao thông vận tải đã có quyết định số 1935/QĐ-BGTVT về việc chuyển Cảng Nghệ Tĩnh về làm thành viên Tổng công ty HHVN.

    Ngày 14/7/2009, Bộ giao thông vận tải và Tổng công ty HHVN đã phối hợp với Cục hàng hải Việt Nam tổ chức buổi lễ công bố quyết định số 1935/QĐ-BGTVT của Bộ trưởng bộ giao thông.

    Ngày 17/8/2009, Bộ trưởng bộ giao thông vận tải đã phối hợp với Tổng công ty HHVN và Cục hàng hải VN tổ chức lễ ký kết biên bản. bàn giao chính thức Cảng nghệ Tĩnh về làm thành viên Tổng công ty HHVN.