Cảng Nghệ Tĩnh tiền thân là Cảng Bến Thuỷ, đã có lịch sử gần 100 năm hình thành và phát triển. Trong đó có hơn 50 năm xây dựng và trưởng thành.   Đầu thế kỷ XX Cảng Bến Thuỷ được người Pháp xây dựng 2 bến (bến Lono và bến Mănggô).

  Cảng Bến Thuỷ nằm ở hạ lưu Cầu Bến Thuỷ cách Cửa Hội 12 km về phía đông bắc, nằm ở phía đông Thành Phố Vinh. Nhờ có điều kiện giao thông thuận lợi nên từ xa xưa đến vùng Bến Thuỷ, Sông Lam, Núi Quyết đã có vị trí hết sức quan trọng. Vì vậy, Cảng Bến Thuỷ đã đóng vai trò quan trọng đối với quá trình đô thị hoá Vinh dưới thời Pháp thuộc.

Sau khi miền bắc hoàn toàn được giải phóng, ngày 13/10/1955 Bộ GTVT đã ký quyết định số 141 "Tạm lập cơ quan quản lý Cảng Bến Thuỷ". Cảng Bến Thuỷ được hình thành với một cầu tàu bằng gỗ lim dài 150, rộng 10m, 4 kho xây bằng gạch lợp ngói rộng 400m2,

một bãi chứa than, môt âu chứa gỗ, nhà làm việc, nhà ăn và nhà ở tập thể.
Từ đó ngày 13 tháng 10 năm 1955 được coi là ngày truyền thống, ngày mở đầu cho một chặng hơn 50 năm phát triển và trưởng thành.
  Sau khi đất nước hoàn toàn thống nhất ngày 05/12/1979 Thủ tướng chính phủ cho phép xây dựng Cảng Cửa Lò (Cảng quốc tế), đây là một sự kiện quan trọng của nhân dân tỉnh Nghệ An, là mốc son trên con đường phát triển của Cảng Nghệ Tĩnh. Sau 5 năm xây dựng (1979-1984) Cảng quốc tế Cửa Lò được hình thành với kết cấu hạ tầng  bao gồm 2 bến dài 320 m, diện tích bãi cảng rộng 36000 m2, 3 kho có diện tích 22.000 m2, độ sâu luồng -5.0 m đảm bảo cho tàu <10.000 tấn ra vào thuận lợi.
  Năm 1996 Cảng Nghệ Tĩnh được bộ GTVT phê duyệt luận chứng kinh tế kỹ thuật xây dựng và nâng cấp phát triển Cảng Cửa Lò với tổng mức đầu tư 138 tỷ đồng, bao gồm 2 bến (bến 3 và bến 4, Nhà văn phòng, nhà kho, nhà cân, bãi chứa hàng...) đến tháng 7 năm 2007 đã hoàn thành và đưa vào sử dụng (bến 3 Cảng Cửa Lò đã đưa vào khai thác năm 2001).

 Từ nay đến năm 2010 phấn đấu:

+ Tiếp tục triển khai thực hiện dự án nâng cấp phát triển Cảng Cửa Lò(xây dựng thêm bến 5, bến 6 và các hạng mục liên quan khác.) + Hàng hoá thông qua cảng đạt từ 3 đến 3.5 triệu tấn/năm. + Tàu có trọng tải từ 15.000DWT đến 20.000DWT cập cầu cảng Cửa Lò.

+ Thành viên của hiệp hội Càng biển Việt Nam(VPA).
+ Thành viên của VPA tham gia vào các hoạt động Cảng Biển ASEAN (APA).